Die Verwaltung gliedert sich organisatorisch in drei Vorstandsbereiche. Jedem Vorstandsbereich sind mehrere Fachdienste bzw. Regiebetriebe zugeordnet. Zudem gibt es drei Stabstellen, die innerhalb der Stadtverwaltung besondere Aufgaben wahrnehmen.
Der Organisationsplan der Stadtverwaltung Hamminkeln ist im Downloadbereich einsehbar.